Głównym celem programów badawczych realizowanych przez Fundację Dzieci Niczyje jest diagnoza skali i charakteru różnych aspektów zjawiska krzywdzenia dzieci oraz postaw społecznych wobec tego problemu.

Od 1993 roku Fundacja przeprowadziła m.in. następujące programy badawcze:

• Dzieci wobec problemu krzywdzenia (1998)
• Postawy profesjonalistów wobec problemu krzywdzenia dzieci (1998)
• Problem krzywdzenia dzieci. Postawy i doświadczenia dorosłych Polaków (2001) (pobierz raport, 564 KB)
• Obraz problemu wykorzystywania seksualnego dzieci w przekazach prasowych (2004) (pobierz raport, 348 KB)
• Zagrożenia dzieci w Internecie (2004, 2006) (z firmą Gemius)  (pobierz raport, 2, 27 MB)
• Kontakty młodych internautów z nielegalnymi treściami w sieci (2006) (z firmą Gemius)
• Wiktymizacja wychowanków domów dziecka (2005)  (pobierz raport, 501 KB)
• Problem krzywdzenia dzieci. Postawy i doświadczenia nauczycieli z siedmiu krajów Europy Środkowo-Wschodniej (2006) (pobierz raport, 558 KB)
• Przemoc rówieśnicza a media elektroniczne (2007) (z firmą Gemius) (pobierz raport, 1,06 MB)
• Dzieci cudzoziemskie w polskich placówkach opiekuńczo-wychowawczych i rodzinach zastępczych (styczeń 2005 r. – maj 2006 r.) (pobierz raport, 1 MB)